¿Es posible prorrogar por tercera vez un contrato de trabajo bonificado por discapacidad?

No, no podrían hacer una tercera prorroga. De acuerdo a lo establecido en los artículos 10 del RD 1368/1985 y su remisión al artículo 15 del Estatuto de los Trabajadores, la duración máxima es de tres años, por lo que si el trabajador ha estado trabajando por tres años el contrato deberá pasar a ser indefinido si no se quiere terminar con la relación laboral una vez cumplido el tiempo pactado por contrato.

Por otro lado, no se aplicarían las bonificaciones como hasta ahora, sino que se aplicarían las previstas en el artículo 2.1) de la Ley 43/2006, que establece una bonificación mensual de 375 euros al mes en casos en los que se transforme un contrato temporal en indefinido.

En principio, si el despido es por causas objetivas no se deberá devolver las bonificaciones, sin embargo, si el despido es improcedente y antes de que el trabajador cumpla tres años desde que se ha convertido su contrato en indefinido, se deberá proceder al reintegro conforme al artículo 9 de la Ley 43/2006.