Buenas tardes:
En primer lugar, efectivamente hay que descontar, siempre que hay suspensión del contrato de trabajo, no habrá que abonar la parte proporcional de pagas extras devengadas durante la baja. Por lo tanto, no hay que abonarlas al realizar el finiquito en junio, sin perjuicio de lo que consideraremos sobre la condición más beneficiosa.
En relación al devengo de las vacaciones, tampoco se devengan cuando el contrato se encuentra suspendido (Sentencia del Tribunal Supremo, de 14 de julio de 1997).
No obstante, los supuestos de maternidad, a partir de la Ley de Igualdad, son diferentes. En concreto, cuando el período de vacaciones fijado en el correspondiente calendario de la empresa coincida en el tiempo con el período de suspensión del contrato de trabajo por maternidad se tendrá derecho a disfrutar las vacaciones en fecha distinta, al finalizar el período de suspensión, aunque haya terminado el año natural a que correspondan ( art. 38.3 ET añadido por la LO 3/2007). De esta forma, se entiende que habrá que finiquitar también en vuestro caso las vacaciones, ya que el período de maternidad no se entiende que se descanse, y por tanto genera el mismo derecho a vacaciones que si se trabajase. Por tanto, habrá que abonarlo en el finiquito de junio que ahora vais a realizar.
Por tanto, las reglas generales están claras. Ahora de lo que se trata es...

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de valorar si en vuestra empresa se ha consolidado un derecho adquirido en los contratos de los trabajadores (el derecho a percibir la paga extra completa durante las situaciones de baja).
Un caso muy similar trata el Tribunal Supremo, en sentencia de 23 de diciembre de 2008. Y considera en dicha sentencia que es condición más beneficiosa que la empresa durante un período de 14 años venga abonando la paga extra de forma íntegra en las bajas por enfermedad y de maternidad de sus trabajadores. El caso es idéntico, salvo en los años de consolidación del derecho. Otras sentencias, también del TS, entienden que hay derecho adquirido con 11 años y otra con 6 años de consolidación del derecho.
Se trata, pues, de que valoréis si vuestro caso es similar. Si entendéis que se puede acreditar que no haya una voluntad inequívoca del empresario de conceder ese derecho (porque han sido pocos años, porque han sido pocos trabajadores los que se han acogido, etc), entiendo que deberiáis no incluir la paga extra en situaciones de baja, y si los primeros no reclaman, habréis sentado un precedente de que no siempre habéis abonado la paga extra. De todas formas, si la primera os reclama, y lleváis años concediéndolo, en ese caso, es muy probable que se pierde el juicio.
Esperamos haber resuelto su consulta.
Reciba un cordial saludo