¿La empresa debe seguir aplicando el embargo a un trabajador que deja la empresa pero regresa días más tarde?

Sí, la empresa debe aplicar el embargo.

Desde el momento en que se acuerda el embargo y se notifica, todas las cantidades que se perciban son embargables, independientemente de cuándo se devenguen. Por lo tanto, si el trabajador vuelve a la empresa, se debe comunicar al organismo competente que el trabajador ha vuelto a prestar sus servicios, y verificar si el embargo sigue vigente para proceder con la retención correspondiente.