Buenas tardes,
Entendemos que las vías serían dos: la suspensión temporal del contrato de trabajo, y la extinción por causas objetivas por ineptitud sobrevenida.
SUSPENSIÓN: En casos similares al que planteas la sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Madrid, de fecha 20 de marzo de 2.009, consideró que la pérdida del carnet de conducir del trabajador constituye una situación de ineptitud temporal del trabajador y que por tanto era válida la suspensión de su contrato de trabajo en base a esta causa.
De manera que, entendemos que una solución podría ser la suspensión del contrato del trabajador hasta que éste recupere su carnet de conducir. La suspensión conlleva baja del trabajador en cotización a la Seguridad Social y reserva del puesto de trabajo.
EXTINCIÓN: También sería posible la extinción por causas objetivas con el correspondiente abono de la indemnización de 20 días por año de trabajo. Así se desprende, entre otras, de sentencia del TSJ del País Vasco, de 29 de septiembre de 2005, del TSJ de Cataluña, de 26 de enero...

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de 1999. En dichas sentencias se considera lo siguiente:
"Finalmente hay que responder al recurso afirmando que la pérdida del permiso de conducir tipo C que el demandante necesita para hacer su trabajo no constituyó una circunstancia ajena al mismo, sino imputable sólo a él. Dejó transcurrir el período de validez de su permiso y nada hizo para renovarlo. La situación no puede ser calificada sino como de ineptitud sobrevenida (art. 52-a del Estatuto de los Trabajadores), puesto que la carencia de la autorización administrativa para conducir camiones de masa máxima autorizada de 3.500 kgs. no representa una imposibilidad legal de realizar la actividad laboral sino la imposibilidad personal del trabajador para hacerla."
Por tanto, confirmarte que tendrías las dos vías abiertas. Lo que sí te aconsejamos es que la decisión se tome rápido, de tal forma que el trabajador no pueda argumentar que lo has recolocado en otras funciones.
Esperamos haber resuelto su consulta.
Reciba un cordial saludo.