Buenas tardes:

La cuestión no es sencilla. Debemos en primer lugar, recoger la regulación anterior y la nueva regulación tras el Real Decreto 20/2012:

ANTERIOR REGULACIÓN:

"Artículo 109. Base de cotización
2. No se computarán en la base de cotización los siguientes conceptos:
a) Las dietas y asignaciones para gastos de viaje, gastos de locomoción, cuando correspondan a desplazamientos del trabajador fuera de su centro habitual de trabajo para realizar el mismo en lugar distinto, así como los pluses de transporte urbano y de distancia por desplazamiento del trabajador desde su domicilio al centro de trabajo habitual, con la cuantía y alcance que reglamentariamente se establezcan.
b) Las indemnizaciones por fallecimiento y las correspondientes a traslados, suspensiones y despidos.
c) Las cantidades que se abonen en concepto de quebranto de moneda y las indemnizaciones por desgaste de útiles o herramientas y adquisición de prendas de trabajo, cuando tales gastos sean efectivamente realizados por el trabajador y sean los normales de tales útiles o prendas en los términos que reglamentariamente se establezcan.
d) Los productos en especie concedidos voluntariamente por las empresas en los términos que reglamentariamente se establezcan.
e) Las percepciones por matrimonio.
f) Las prestaciones de la Seguridad Social, así como sus mejoras y las asignaciones asistenciales concedidas por las empresas, estas dos últimas en los términos que reglamentariamente se establezcan.
g) Las horas extraordinarias, salvo para la cotización por accidentes de trabajo y enfermedades profesionales de la Seguridad Social.
En el desarrollo reglamentario de los apartados a), c), d) y f) anteriores se procurará la mayor homogeneidad posible con lo establecido al efecto en materia de rendimientos de trabajo personal por el ordenamiento tributario.
3. No obstante lo dispuesto en el apartado g) anterior, el Ministerio de Trabajo y Seguridad Social podrá establecer el cómputo de las horas extraordinarias, ya sea con carácter general, ya sea por sectores laborales en los que la prolongación de la jornada sea característica de su actividad".

VERSIÓN A PARTIR DEL REAL DECRETO 20/2012:

"Artículo 109. Base de cotización
2. No se computarán en la base de cotización los siguientes conceptos:
a) Las dietas y asignaciones para gastos de viaje, gastos de locomoción, cuando correspondan a desplazamientos del trabajador fuera de su centro habitual de trabajo para realizar el mismo en lugar distinto, así como los pluses de transporte urbano y de distancia por desplazamiento del trabajador desde su domicilio al centro de trabajo habitual, con la cuantía y alcance que reglamentariamente se establezcan.
b) Las indemnizaciones por fallecimiento y las correspondientes a traslados, suspensiones y despidos.
Las indemnizaciones por fallecimiento y las correspondientes a traslados y suspensiones estarán exentas de cotización hasta la cuantía máxima prevista en norma sectorial o convenio colectivo aplicable.
Las indemnizaciones por despido o cese del trabajador estarán exentas, en la cuantía establecida con carácter obligatorio en la Ley del Estatuto de los Trabajadores, en su normativa de desarrollo o, en su caso, en la normativa reguladora de la ejecución de sentencias, sin que pueda considerarse como tal la establecida en virtud de convenio, pacto o contrato.
Cuando se extinga el contrato de trabajo con anterioridad al acto de conciliación, estarán exentas las indemnizaciones por despido que no excedan de la que hubiera correspondido en el caso de que éste hubiera sido declarado improcedente, y no se trate de extinciones de mutuo acuerdo en el marco de planes o sistemas colectivos de bajas incentivadas.
Sin perjuicio de lo dispuesto en los párrafos anteriores, en los supuestos de despido o cese como consecuencia de despidos colectivos, tramitados de conformidad con lo dispuesto en el artículo 51 de la Ley del Estatuto de los trabajadores, o producidos por las causas previstas en la letra c) del artículo 52 de la citada Ley, siempre que en ambos casos se deban a causas económicas, técnicas, organizativas, de producción o por fuerza mayor, quedará exenta la parte de indemnización percibida que no supere los límites establecidos con carácter obligatorio en el mencionado Estatuto para el despido improcedente.
c) Las prestaciones de la Seguridad Social, así como sus mejoras y las asignaciones asistenciales concedidas por las empresas, estas dos últimas en los términos que reglamentariamente se establezcan.
d) Las horas extraordinarias, salvo para la cotización por accidentes de trabajo y enfermedades profesionales de la Seguridad Social.
En el desarrollo reglamentario de los apartados a) y c) se procurará la mayor homogeneidad posible con lo establecido al efecto en materia de rendimientos de trabajo personal por el ordenamiento tributario.
3. Sin perjuicio de lo previsto en el apartado 2, la cuantía máxima exenta de cotización por todos los conceptos indicados en el mismo no podrá exceder, en su conjunto, del límite que se determine reglamentariamente.
4. No obstante lo dispuesto en el apartado 2.d), el Ministerio de Empleo y Seguridad Social podrá establecer el cómputo de las horas extraordinarias, ya sea con carácter general, ya sea por sectores laborales en los que la prolongación de la jornada sea característica de su actividad".

De la comparación de ambos textos, y en relación con vuestra pregunta, llegamos a las siguientes conclusiones:

1. Los pluses de transporte recogidos en el artículo 109.2 a) de la Ley General de la Seguridad Social siguen recogiéndose de la misma forma.
2. Desaparecen en cambio como exentos de cotización el quebranto de moneda, indemnizaciones por desgaste de útiles o herramientas, o los productos en especie concedidos voluntariamente por las empresas. Por lo tanto, estos conceptos pasarán a cotizar, y por tanto, además de cotizar ya no estarán exentos a efectos de IRPF.
3. Y, por último, se limita la exención de la cotización en las indemnizaciones únicamente a las que corresponden estrictamente con la indemnización tope legal de 45, excluyéndose en todo caso aquéllas que se objeto de pacto fruto de bajas incentivadas, etc.

Entendemos que éstas son las cuestiones clave de cotización a tener en cuenta a partir del Real Decreto 20/2012.

Esperamos haber resuelto su consulta.

Reciba un cordial saludo.