Buenos días:
La costumbre que planteas es una posible condición más beneficiosa que han podido adquirir los trabajadores por el paso del tiempo.
El empresario debe respetar el Estatuto de los Trabajadores, el convenio colectivo, lo establecido en contrato con el trabajo y las condiciones más beneficiosas que ha ido reconociendo con el paso de los años a los trabajadores. Dichas condiciones más beneficiosas, como expresa la jurisprudencia, ha sido incorporada el nexo contractual de cada trabajador, por lo que tienen la misma fuerza que lo establecido en el estatuto de los trabajadores, el convenio colectivo, o el contrato de trabajo:
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No siempre es tarea sencilla determinar si esa situación jurídica se produce, pues es necesario analizar todos los factores y elementos para saber, en primer lugar, si existe la sucesión de actos o situaciones en la que se quiere basar el derecho, y en segundo lugar, si realmente es la voluntad de las partes, en este caso de la empresa, el origen de tales situaciones. Esta Sala ha dicho a propósito de ello en la sentencia de 20 de mayo de 2002, con cita de la sentencia de 11 de marzo de 1998 que «la jurisprudencia de esta Sala ha declarado que para que pueda sostenerse la existencia de una condición más beneficiosa es preciso que ésta se haya adquirido y disfrutado en virtud de la consolidación del beneficio que se reclama, por obra de una voluntad inequívoca de su concesión por parte de la empresa (sentencia de 16 de septiembre de 1992, 20 de diciembre de 1993, 21 de febrero de 1994, 31 de mayo de 1995 y 8 de julio de 1996, de suerte que la ventaja que se concede se haya incorporado al nexo contractual "en virtud de un acto de voluntad constitutivo de una concesión o reconocimiento de un derecho" (sentencias de 21 de febrero de 1994, 31 de mayo de 1995 y 8 de julio de 1996) y se pruebe, en fin, "la voluntad empresarial de atribuir a sus trabajadores una ventaja o un beneficio social que supera a los establecidos en las fuentes legales o convencionales de regulación de la relación contractual de trabajo" ( sentencia de 25 de enero de 1995, 31 de mayo y 8 de julio de 1996)".
Por lo tanto, como ves, en primer lugar, un beneficio o ventaja como la que planteas (que las bajas de larga duración y la maternidad computen a efectos del exceso de jornada) pueden considerarse condiciones más beneficiosas.
No obstante, el problema que traen estas cuestiones para los trabajadores, es la prueba de las mismas, ya que en supuestos como el planteáis no es fácil acreditarlo por parte del trabajador. En un supuesto de la concesión de una paga extra adicional es fácilmente acreditable, pero una cuestión como la planteas (salvo que se encuentre regulado por escrito, y literalmente) no será de fácil acreditación. En concreto, os señalo una sentencia del Tribunal Supremo, de 24 de septiembre de 2004, en la que, en un supuesto también de exceso de jornada, consideró que los trabajadores no habían acreditado la condición más beneficiosa, por no existir BASE DOCUMENTAL:
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Aplicando la anterior doctrina al presente se puede observar que en ningún momento aparece acreditada la existencia de esa voluntad empresarial de constituir, de configurar un derecho. En primer lugar, porque la sentencia recurrida no recoge tal situación como hecho probado, ni se ha pedido tampoco en el recurso de casación la incorporación del mismo al relato histórico, probablemente porque no existe base documental para afirmar que con carácter general la empresa venía retribuyendo tales ausencias en todos o algunos de los numerosos centros de trabajo, más de 50, en los que prestan servicios los aproximadamente 9.500 trabajadores".
Por ello, entiendo que lo conveniente sería en primer lugar valorar cómo podrían acreditar los trabajadores la condición más beneficiosa. Y si la misma no estuviese por escrito y no fuese de fácil prueba para los trabajadores, entiendo que podría cambiarse el criterio, alegando que se están mejorando otras condiciones del calendario.
Si, por el contrario, dicha condición más beneficiosa hubiese sido negociada literalmente en el calendario laboral, entonces la vía posible para suprimir dicha condición más beneficiosa es la COMPENSACIÓN Y ABSORCIÓN, y ésta se puede aplicar cuando en el nuevo convenio se están incorporando MEJORAS al de los años anteriores. En tales supuestos, se permitiría quitar dicho beneficio que venís aplicando por la incorporación de "otros beneficios" o mejoras asimilables.
Esperamos haber resuelto su consulta.
Reciba un cordial saludo.

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