Buenas tardes:
Sobre dicha cuestión, existe jurisprudencia abundante al respecto. Lo que viene considerando el Tribunal Supremo (entre otras, en la reciente sentencia de 20 de enero de 2009), es que la actividad que debe tenerse en cuenta, cuando en un mismo local se desarrollan varias actividades, es la actividad principal del local.
Para ello, se analizan, entre otras cuestiones: metros cuadrados destinados a cada una de las actividades, porcentaje de facturación de cada una de ellas, qué consta dado de alta en el Impuesto de Actividades Económicas, etc.
Por lo que describes, parece que será de aplicación el convenio de Panaderías.
Sobre el supuesto en concreto (discusión convenio panadería-hostelería en panaderías con barra de bar) hay varias sentencias. En concreto, las principales son del...

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TSJ de Cataluña, de 8 de octubre de 2004 y de 8 de febrero de 2006. Y las soluciones en ambas sentencias son distintas: así como en la de 2004, el TSJ de Cataluña entiende que es de aplicación el convenio de hostelería (ya que en dicho caso el mayor porcentaje de facturación era del bar, teniendo además terraza), en la de 2006, el TSJ de Cataluña entiende que debe ser el de panadería (ya que se trata de una panadería con una pequeña barra de bar).
Creo que vuestro supuesto es más el de 2006, por lo que entiendo que será de aplicación el convenio de panaderías. Además, en ese caso, sería perfectamente congruente con el ámbito de aplicación que viene recogido en el convenio de panaderías de navarra.
Esperamos haber resuelto su consulta.
Reciba un cordial saludo